Sejarah awal berdirinya Murnajati adalah tempat peristirahatan dan tempat pertemuan penting bagi pejabat Departemen Kesehatan RI. Sejak tahun 1987 berdasarkan Surat keputusan Kemenkes RI Nomor 45/Menkes/SK/I/1987 Tanggal 1 Januari 1987, Murnajati dialihfungsikan sebagai tempat Kursus Latihan Kesehatan Masyarakat (KLKM) yang semula berada di Tuban.

Pada Tahun 1990 berubah menjadi Balai Latihan Kesehatan Masyarakat (BLKM), kemudian dinaikkan statusnya menjadi Bapelkes (Balai Pelatihan Kesehatan) sesuai dengan SK Menteri Kesehatan Republik Indonesia No. 911/Menkes/SK/X/1993 tanggal 20 Oktober 1993. Kemudian dengan diberlakukannya UU Nomor 22 Tahun 1999 tentang Otonomi Daerah, terjadi pelimpahan dari Pemerintah Pusat kepada Pemerintah Provinsi Jawa Timur menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) dibawah Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Timur dengan Nama Balai Latihan Kesehatan Masyarakat (Bapelkes) Bendul Merisi dengan dikeluarkannya SK Gubernur Jatim tanggal 18 Desember 200 No. 37 Tahun 2000.

Sesuai dengan perubahan tata organisasi yang baru, berdasar Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur nomor 9 tahun 2008 tanggal 20 Agustus 2008 tentang Organisasi dan Tata Kelola Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Timur, nama Bapelkes Bendul Merisi Murnajati berubah menjadi UPT Pelatihan Kesehatan Masyarakat (Latkesmas) Murnajati.

Dengan dikeluarkannya Keputusan Gubernur Provinsi Jawa Timur Nomor 188/765/KPTS/013/2012 Tanggal 12 Desember 2012, pengelolaan keuangan UPT Pelatihan Kesehatan Masyarakat Murnajati berubah menjadi Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) dengan status bertahap. Pada tahun 2015 pengelolaan keuangan UPT Pelatihan Kesehatan Masyarakat Murnajati berubah menjadi PPK-BLUD dengan status Penuh sesuai Keputusan Gubernur Nomor 985 Tahun 2015.

Pada 16 Desember tahun 2019 Akademi Keperawatan Kota Madiun resmi bubar dan beralih ikut menjadi bagian dalam UPT Latkesmas Murnajati. Akibat dari penggabungan ini maka UPT Latkesmas Murnajati memiliki 3 kampus berbeda yakni kampus Malang, kampus Surabaya, dan kampus Madiun.